Alpha = Oxford: Eine SARS-CoV-2 Variante, die aus einem britischen Labor kam?

Unsere Welt besteht aus Eindrücken. Wir versuchen eine Struktur in die Eindrücke zu bringen, um uns zurechtzufinden.
Oder:
Wir werden täglich mit Lügen bombadiert. Unsere Aufgabe besteht darin, die Wahrheit hinter den Lügen offenzulegen.

Hat alles etwas mit Kausalität zu tun.

Die Geschichte, die wir heute erzählen, hat viel mit Kausalität und Korrelation zu tun. Sie wurde von Jikkyleaks, einem, wenn nicht dem besten investigativen Virologen, angeregt und sie behandelt eine Mutation auf der Receptor Binding Domain des Spike-Proteins, eine Mutation, die das SARS-CoV-2 Spiel massiv beeinflusst hat und die ab ihrem ersten Auftauchen im Sommer des Jahres 2020 im Vereinigten Königreich, in allen erfolgreichen Nachfolgevarianten von Beta (b.1.351) über Delta (b.1.617.2) bis Omikron (b.1.1.529) und in Hunderten anderer Varianten enthalten war. Einen Eindruck von der Verbreitung dieser Mutation kann man sich hier verschaffen.

Die folgende Abbildung zeigt die Phase der Vorherrschaft von Alpha (b.1.1.7), damals auch als britische Variante bekannt, vom Spätjahr 2020 bis in den Frühsommer 2021.

Man kann davon ausgehen, dass Alpha, b.1.1.7, der Anlass für die britische Regierung war, Wissenschaftler damit zu beauftragen, neu aufkommende “Variants of Concern”, wie es damals bereits hieß, zu identifizieren und in ihrer Verbreitung zu begleiten. Das allererst technical briefing, das den SARS-CoV-2 Varianten gewidmet ist, die den Forschern Sorgen bereiteten oder von denen sie dachten, dass sie Sorgen bereiten könnten, ist in weiten Teilen “Alpha”, damals noch b.1.1.7, gewidmet:

“B.1.1.7 has an unusually large number of genetic changes, particularly in the spike protein. Three of these mutations have potential biological effects that have been described previously to varying extents:

• Mutation N501Y is one of six key contact residues within the receptor-binding domain (RBD) and has been identified as increasing binding affinity to human ACE2.
• The spike deletion 69-70del has also occurred a number of times in association with other RBD changes.
• Mutation P681H is immediately adjacent to the furin cleavage site, a known location of biological significance.”

Von den drei angesprochenen Mutationen ist N501Y diejenige, die sich in der Folge als besonders relevante Mutation herausstellen sollte, denn mit ihr hat sich die Fähigkeit von SARS-CoV-2, an menschliche ACE2 Zellen anzubinden und damit die Infektiosität des Virus verbessert, was erstaunlich ist, denn das Wuhan-Virus war bereits, was seine Fähigkeit angeht, menschliche Zellen zu infiltrieren, in der Spitzenklasse, so dass nach oben nurmehr wenig Platz war.

Indes scheint die Natur noch eine Verbesserung gefunden zu haben?
Die Natur?

Berichten wir zunächst von N501Y, der Starmutation, um die es in diesem Beitrag geht, einer Mutation, die ganz außergewöhnliche Fähigkeiten mitbringt:

• Erhöhte Transmissibilität und erhöhte Infektiosität, beides resultierte in einer großen Zahl von Menschen, die hospitalisiert werden mussten bzw. an COVID-19 verstorben sind, denn, auch wenn SARS-CoV-2 wohl nie viel gefährlicher war als Influenza (H1N1), so ist es doch ein Virus, das, wenn es über die Atemwege in die Lunge und ins Blut gelangt, erhebliche Konsequenzen nach sich ziehen kann, wie Influenza das im übrigen auch kann.
• Das vielleicht Erstaunlichste an Alpha war, dass es 19 relevante Mutationen aufwies, die es von der Wuhan-Variant unterschieden, aber von diesen 19 Mutationen genau eine, N501Y diejenige zu sein schein, die die Musik gespielt hat:

“The B.1.1.7 variant (also known as Alpha) of SARS-CoV-2, the cause of the COVID-19 pandemic, emerged in the UK in the summer of 2020. The prevalence of this variant increased rapidly owing to an increase in infection and/or transmission efficiency. The Alpha variant contains 19 nonsynonymous mutations across its viral genome, including 8 substitutions or deletions in the spike protein that interacts with cellular receptors to mediate infection and tropism. Here, using a reverse genetics approach, we show that of the 8 individual spike protein substitutions, only N501Y resulted in consistent fitness gains for replication in the upper airway in a hamster model as well as in primary human airway epithelial cells.”

Auf anderen Wegen kommen Fedaa, Kasry und Amin (2021) zum selben Ergebnis, zu dem Liu et al. (20229 gelangen: N501Y ist die entscheidende Mutation auf dem Spike-Protein, genauer: in der Receptor Binding Domain, die für erhöhte Übertragbarkeit und Infektiosität verantwortlich ist.

“Here, using Molecular Dynamics simulations (MD) and Monte Carlo (MC) sampling, we show that the N501 mutation enhanced the electrostatic interactions due to the formation of a strong hydrogen bond between SARS-CoV-2-T500 and ACE2-D355 near the mutation site.”

Und nicht nur, ist N501Y eine Art Superstar unter den Mutationen, es ist auch der Gründer einer neuen Dynastie von SARS-CoV-2 Varianten:

“Here, by examining patterns of synonymous and non-synonymous mutations that have accumulated in SARS-CoV-2 genomes since the pandemic began, we find that the emergence of these three “501Y lineages” coincided with a major global shift in the selective forces acting on various SARS-CoV-2 genes.”

Eine erstaunliche Mutation, die die Natur hier zustande gebracht hat. Indes lesen wir in einem Beitrag aus China, an dem nicht weniger als 32 Autoren beteiligt waren, diesem Beitrag:

einem Beitrag, der im Juli 2020 veröffentlicht wurde, dessen zugrundeliegende Forschung entsprechend bereits im Frühjahr 2020 ausgeführt worden sein muss, Folgendes [wir übersetzen das gleich]:

“The A23063T mutation resulted in a N501Y amino acid substitution in the RBD of the S protein, which is assumed to be responsible for receptor recognition and host range of SARS-CoV-2. (A, alanine; T, threonine; N, asparagine; Y, tyrosine. In the mutants, other amino acids were substituted at certain locations; for example, A23063T indicates that alanine at position 23063 was replaced by threonine.) Structural remodeling also suggested that the N501Y substitution in the RBD of SARS-CoV S protein increased the binding affinity of the protein to mouse ACE2. Immunofluorescence staining supported colocalization of mouse ACE2 and SARS-CoV-2 S protein in the lungs of MASCp6-infected mice . To further trace the adaption history of MASCp6, the emergence of N501Y substitution was further analyzed by means of deep sequencing. As expected, all reads from the original IME-BJ05 isolate were pure A23063. T23063 readily emerged after a single passage in one of the three mouse lung homogenates (table S2), and the proportion of A23063T mutation gradually increased during subsequent passages. Thus, the increased virulence of SARS-CoV-2 MASCp6 in mice was likely attributed to the rapid emergence of N501Y substitution in the RBD of SARS-CoV-2 S protein.”

An Position 23062 im Genom von SARS-CoV-2, im Spike-Protein, der dort vorhandenen Receptor Binding Domain, so berichten die Autoren, sei aus Asparagin, Tyrosin geworden, kurz: N501Y, eine Mutation, von der die Autoren schreiben, dass sie die Fähigkeit von SARS-CoV-2, an ACE2 Rezeptoren zu binden, erhöht habe. Nun ist diese Mutation nicht einfach so entstanden, Sie wurde entstanden. Viele Mäuse mussten für die Mutation ihr Leben lassen, die im Rahmen dessen geschaffen wurde, was euphemistisch als Mouse-Model bezeichnet wird, tatsächlich nichts anderes als Forschungsgenozid unter Labormäusen darstellt. Im vorliegenden Fall gab es mehrere Durchläufe, in denen Mäuse mit SARS-CoV-2 infiziert, nach Erkrankung getötet wurden, um ihnen Lungengewebe entnehmen und das darin enthaltene SARS-CoV-2 gewinnen zu können, das dann genutzt wurde, um weitere Mäuse zu infizieren. Am Ende von etlichen dieser “Durchläufe” stand mit N501Y nicht nur etwas, auf das die Forscher Stolz waren, was an sich schon merkwürdig ist, es stand etwas, das Interesse aus anderen Kreisen geweckt hat. Science schreibt dazu verklausuliert:

“Adaptation of this viral strain in the mouse appeared to be dependent on a critical amino acid change, Asn⁵⁰¹ to Tyr (N501Y), within the receptor-binding domain of the viral spike protein. The new mouse model was used to study neutralizing antibodies and a vaccine candidate against the virus.“

“Das neue Maus-Modell wurde genutzt, um neutralisierende Antikörper zu untersuchen und wurde bei der Entwicklung eines Impfstoffes gegen das Virus, SARS-CoV-2 eingesetzt.

Von der Entwicklung welchen Impfstoffes ist hier die Rede?
Das ist der Punkt, an dem Jikkyleaks ins Spiel kommt, der Löcher in die Einheitsfront aus der Geheimhaltung geschlagen hat:

ChAdOx1,
Vaxzevria,
Oxford-Vaccine,
AstraZenecas COVID-19 “Impfstoff”, der mittlerweile in aller Stille vom britischen Markt genommen wurde.

Entwickelt wurde ChAdOx1 im Jenner Institute der University of Oxford.

Die klinischen Trials wurden im Vereinigten Königreich, in Südafrika und in Brasilien durchgeführt.

Das Vereinigte Königreich ist Ausgangspunkt wohl der Ausgangspunkt für die SARS-CoV-2 Variante “Alpha (b.1.1.7)”, erstmals mit N501Y als wichtigster Mutation.
Südafrika ist Ausgangspunkt für das kurze Zeit später aufkommende Beta (b.1.351), mit dabei: N501Y
Brasilien ist Ausgangspunkt von P1, eine der Varianten, die das ZDF so erschreckt haben. P1 ist eine Subvariante von Beta (b.1.351), prominente Mutation auf P1: N501Y

Es scheint, die Mutation aus dem chinesischen Mausmodell, die im Jenner-Institut genutzt wurde, um den eigenen Impfstoff “ChAdOx1” zu optimieren, hat eine steile Karriere hingelegt, eine, die Kontinente überspannt.

Aber natürlich sind das alles Korrelationen, Zufälle, keine Kausalitäten, Es ist einfach zufällig so, dass im Vereinigten Königreich erstmals eine Mutation nachgewiesen wird, eine, die für die Folgezeit SARS-CoV-2 prägend wird, eine, die erstmals in einem Chinesischen Labor in Fudan geschaffen wurde, von dort in das UK importiert und in Oxford studiert wurde, um ChAdOx1 noch effizienter gegen SARS-CoV-2 zu machen, das in einer das Studienobjekt N501Y tragenden neuen Variante just zu einem Zeitpunkt im Vereinigten Königreich auftaucht, zu dem die klinischen Trials ihrem Ende und der COVID-19 Impfstoff auf die Oberarme der Briten losgelassen wird. Und um die Zufälligkeiten abzuschließen: Es ist natürlich ein Zufall, dass an den anderen Orten der klinischen Trials von ChAdOx1, in Südafrika und Brasilien, prominente Träger von N501Y auftauchen.

Die Welt ist voller Zufälle.
Wir haben von einem berichtet.

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